高鐵開通第三日，適逢中秋節翌日假期，客流在中午前開始增多，但未有與內地高鐵一樣，出現假日一票難求的情況，票務系統顯示大部份班次未有客滿。在早上十時前，內地網上官方售票平台「12306」取票櫃檯前出現人龍，櫃位由最先的兩個，加開至六個，但乘客仍然要輪候接近20分鐘才成功取票。
港鐵繼續安排在「12306」網站購票的乘客，可以不需要取票，直接使用特快通道進入安檢過程，但他們原本在櫃檯取票，需要以現金繳付10至30元港幣的手續費，使用特快通道就暫時不需要繳付手續費，車務職員指，不清楚乘客入閘後是否需要補交手續費，港鐵傳訊部則指，要再查詢相關安排。