廣深港高鐵香港段開通第三日，在內地官方售票平台「12306」購票的乘客，取票安排仍然未盡完善，櫃位在中午起出現人龍，超過二百人排隊等候，但七個專用櫃位中只開放其中五個，不少乘客輪候超過一小時才成功取票，當中大部分人都不知道使用特快通道入閘，可以免卻繳交手續費的安排。有乘客批評，港鐵的安排很差，對櫃檯取票的乘客不公平，要付出額外且不合理的時間和金錢；亦有人批評，選乘高鐵的原意是想快捷、方便，如今要長時間輪候車票，時間成本增加，日後未必會再乘搭高鐵。

港鐵車務總監劉天成下午巡視西九龍站時，被問到，使用特快通道的乘客可以免卻繳交手續費，是否對櫃檯取票，已經繳交手續費的乘客不公平，他表示相關措施是特別安排，港鐵會與鐵總商討，從源頭解決問題。港鐵主席馬時亨則指，日後會在西九龍站安裝自動取票機，方便使用「12306」網上購票的旅客。