在台灣，陸委會批評大陸向合資格的台灣民眾發出居住證，是單方面將台灣在大陸的民眾納入戶政管理，改變以往將兩岸人民身分區隔處理的做法，製造對台灣行使管轄的假象。
台灣的立法院明日會就大陸推行居住證政策召開會議，陸委會向立法院提交的報告指，台灣政府一向鼓勵兩岸正常交流互動，亦理解民眾因經濟或生活便利而持有大陸居住證，但政府對居住證背後隱藏的政治意圖，必須嚴加防範，正研究修訂兩岸條例相關法例草案，推出領取居住證的申報機制，亦考慮限制領取居住證的台灣民眾，擔任機密敏感公職。