港鐵初步調查相信，昨日四綫發生的信號系統故障，與測試新信號系統無關，亦不涉及人為因素。車務工程總管李家潤在一個電台節目說，當時信號系統各區間的電腦，不斷有很多數據傳輸及互相同步情況，使用了電腦大量計算資源，令區間電腦變得不穩定，相信信號故障與電腦程式及設定有關，以往未曾出現上述情況。他又說，雖然當晚曾經在荃灣綫測試新系統，但工程人員已經在凌晨，成功將新信號系統轉回現有系統，新系統與現有系統完全分隔，港鐵的調查委員會，將會與法國的供應商研究相關數據，預計在兩個月內提交報告。
車務營運總監鄭群興再次向市民致歉，強調在事故期間出閘的乘客，不會被扣除車資，市民如果有票務問題，可前往客務中心查詢。