台灣九合一選舉距離投票結束不足三小時，部分票站相繼出現事故。在高雄湖內區一個票站，一名61歲女選民投票期間不適暈倒，送醫後不治。警方調查指，女死者曾中風，稍後會驗屍確定死因。
在選情激烈的台北、高雄及台中部分票站，都出現投票的人龍，在彰化及台北內湖區票站，分別有兩名選民不滿排隊時間太長，與票站人員爭執，並撕毀十張公投票；台北大安區，有選民因填錯選票而撕毀市長選票；新北市板橋區一名79歲女選民，將選票帶出投票站，被票站人員制止，其後由警方帶走。