台灣「九合一選舉」凌晨三時後完成所有點票工作，但在昨日下午票站開票時，仍然有大量票站仍未結束投票，引發爭議。中選會主委陳英鈐表示，法律規定民眾只要在下午四時前抵達票站，就可以投票。至於為什麼不能夠等所有票站完成投票再一起開票，陳英鈐說，法律無這樣的規定，投完票就要改為開票站，以前都是這麼做，他們只是依法依例處理。他又說，因為公投導致投票速度較緩慢，令開票延遲，向全台灣人民致歉，作為首長會一力承擔及深切檢討。
至於在台北市長選舉中，以三千二百多票之差落敗的國民黨候選人丁守中，凌晨到台北地方法院提出選舉無效，指選舉由投票到開票，充滿不可思議的重大違法，強烈質疑中央選委會和台北市選委會合謀操作。有不滿的民眾揚言要包圍中選會，警方在台北地方法院外架起鐵馬，並加派大批警力到場戒備。