最新一份審計報告，指食物安全中心的進口管制及食安管理工作有多項不足。報告發現今年五月至六月，空運進口食物的二十次實物檢查中，每批只檢查一箱食物，部分批次抽檢比例低至0.1%；檢查時人員只拿取最表面的貨物，或者進口商選擇的樣本。在海路方面，報告發現日本食品的進口商，只是需要提供輻射測試的自願預先聲明，因此海關可能未能辨識所有相關進口商。
審計報告又發現食物安全管理工作不足，現時網購食物日益普遍，但食安中心檢測網購食物樣本的比例偏低。食安中心公布不合格測試結果需時太長，去年需時最長的個案要88日。在回收食物方面，去年進行23次食物回收行動，有半數產品最終未有成功回收，亦無要求食品商提交報告。