港鐵完成10月16日早上「四綫故障」事件調查，指事故與四條列車綫，兩套不同供應商信號系統設備的計數器「重置安排」不同有關，不涉及信號系統更換工程和測試。港鐵成立的高級別檢討委員會，向政府提交的報告指出，其中一套系統軟件計數器在一定年期會自動重置，而另一套軟件計數器則需要人手重置，但車務和維修人員，事前不知道兩者重置安排不一致，亦不知道對行車可能構成影響，因此以往從未做過全面整體重置。報告建議，為軟件計數器定期檢查及執行維護計劃；港鐵撥出800萬元，在明年下半年以折扣方式回饋乘客。
政府接納港鐵提交的調查報告，運輸署及機電署會密切監察港鐵落實報告改善措施，以避免同類事故發生，並加強港鐵的事故應變及資訊發放安排。運輸署正與港鐵檢討應變措施，包括提供免費接駁巴士的安排，檢討預期明年年中完成。