國台辦斥責，台灣民進黨當局炮製不實說法，聲稱大陸隱瞞非洲豬瘟疫，防疫失控，是完全故意炒作、借題發揮，意圖煽動台灣民眾對大陸的不滿情緒。發言人馬曉光說，大陸8月爆發非洲豬瘟疫情以來，相關部門採取有效措施，目前疫情趨於平穩，總體可控，並得到聯合國糧農組織肯定；又指兩岸簽署《農產品檢疫檢驗合作協議》，解決涉及兩岸貿易的通報問題，但台灣長期無進口大陸豬肉，協議不適用於非洲豬瘟疫情。
台灣的海基會回應指，大陸曲解這項協議，指兩岸雖然無豬肉貿易，但非洲豬瘟疫情屬是「安全衞生信息」，大陸有必要通報。發言人又說，大陸指非洲豬瘟不是大規模疫情，但又向世界動物衞生組織通報，代表絕非零星疫情，說法前後矛盾。