政府建議，將軍澳藍田隧道的隧道費，劃一訂在3元，與將軍澳隧道相同。當局向立法會提交文件，留意到有意見認為新隧道應免費供人使用，但做法會導致連接道路的額外車流，影響新隧道作為6號幹線一部份連接東西九龍的效用；如果將新隧道費訂得高於或低於將軍澳隧道的收費，亦會影響新隧道分流交通的作用。
當局又指，未來調整隧道費時，會考慮引入「交通擠塞收費」和「效率優先」的概念，以提升道路使用效率。運輸署會檢視政府收費隧道、青馬管制區及青沙管制區的收費，方便使用效率較高和有利經濟活動的車輛，例如專營巴士和貨車，享有較低收費，而載客量較低的車輛例如私家車，就可能有較高收費。