政府建議，將軍澳藍田隧道的隧道費，劃一訂在3元，與將軍澳隧道相同，由於新隧道沒有收費廣場，當局計劃斥資3.3億元，設立不停車繳費系統，系統可以透過無線射頻識別技術，閱讀貼在擋風玻璃的標籤，在已經綁定的銀行戶口或信用卡戶口扣除隧道費，系統也可自動辨認車牌號碼。如果汽車沒有貼上標籤，車主須在寬限期內，例如一星期內補交隧道費。

運輸署計劃明年第三季開始，發出無線射頻識別標籤，第一張標籤將會免費，但重發、更換標籤就要收費。當局指，推出新系統可以令繳費更有效率，有助當局收集實時交通數據，計劃在將軍澳藍田隧道通車後兩至三年內，分階段在其他政府收費隧道和道路，落實不停車繳費系統，估計要9.5億元。由於全面設置新系統後，將不會再需要收費員，署方會要求營辦商再培訓他們，進行內部調配，亦會要求繳費系統承辦商聘請他們。