政府計劃在將軍澳藍田隧道，設置不停車繳費系統，系統可以透過無線射頻識別技術，閱讀貼在擋風玻璃的標籤，在已經綁定的銀行戶口或信用卡戶口扣除隧道費，並計劃在新隧道通車後兩至三年內，分階段在其他政府收費隧道和道路，落實不停車繳費系統。香港運輸研究學會資深會員熊永達認為，早就應該採用新系統，未來實施電子道路收費時，可以採用同一系統，有助減少非必要和載客量較低的車輛，進入繁忙路段，收費亦可用作改善公共交通服務。
對於政府表示，未來調整隧道費時，會考慮引入「交通擠塞收費」和「效率優先」概念，熊永達認為，隧道未來可能會因應繁忙程度，有不同收費，當局或會設立繁忙時段的收費上限，巴士等公共交通工具就可有較低收費，到深宵時段，有機會免費使用隧道。