運輸及房屋局局長陳帆指，沙中綫紅磡站擴建工程合約中，除了之前發現問題的月台工程之外的其他主要部份，包括兩條連接隧道以及列車停放處，都出現施工紀錄缺失及擅改圖則的問題。陳帆指，港鐵公司目前需要交代詳細情況並提交建議，在欠缺紀錄之下，如何可以確認建造細節符合建造合約和結構安全。

路政署署長陳派明指，涉事的工程部份是南面連接隧道、北面連接隧道及列車停放處，都是以明挖回填方式興建的鋼筋混凝土結構，需要進行釘板、扎鐵和落石屎的工序。陳派明指，港鐵向政府表示，約四成的檢查及測量申請表格缺失，有關表格原本用作施行下一工序之前，由港鐵批准同意完成後簽署，例如確認扎鐵程序完成後，簽署表格再落石屎，而港鐵亦未能提供欠缺表格工程部份的具體位置。另外，連接隧道工程有部份鋼筋接駁位置，由鋼筋搭接方式，改為螺絲帽連接，而港鐵至今未能提供有多少位置，在未有政府批准下，擅自改動連接方式。陳派明指，目前未有足夠資料確定部份工程的施工質素和安全，對港鐵作為沙中綫項目管理人的表現表示遺憾。