政府表示，港珠澳大橋約1.5萬份施工紀錄不全的事件，只是涉及承建商未有按合約要求，依時提交紀錄，紀錄並無被銷毁或遺失，亦不涉及工程質量問題；路政署認為承建商延遲提交施工紀錄，並不理想，已將工程顧問及承建商的表現反映在季度表現報告內，敦促改善，並會向承建商追討聘請獨立審查顧問處理事件的費用，涉及約230萬元。當局指，會研究加強監察工程顧問的工作，包括監察提交施工紀錄。

當局向立法會提交文件，指路政署2016年7月首次收到駐工地工程人員信件，指承建商未有依時提交施工紀錄，但路政署到去年7月下旬，即是兩年後，才要求駐工地工程人員提交紀錄，並向運輸及房屋局報告，其後聘請獨立審查顧問檢視，發現99.5%欠交施工紀錄的工程，都有證據證明駐工地工程人員有進行監督，其餘0.5%的工程，亦未見有異常情況。