港鐵主席馬時亨表示，在董事局特別會議上，未有與政府討論今次列車相撞，導致服務影響的罰則問題，港鐵成立的調查小組將深究事故原因，預計需時兩至三個月才有最後報告，在未有報告前，他不想惴測是哪方面出錯，強調港鐵一定「查個水落石出」，因新信號系統將來影響乘客安全，絕對不接受任何馬虎的調查。