政府和港鐵向立法會提交文件表示，荃灣綫上星期一測試信號系統期間的列車相撞事故，初步調查認為是新信號系統後備電腦出錯，同時容許兩列列車駛入同一條渡線，系統的「安全聯鎖功能」亦未有發揮作用，未能確保列車不會同時行駛相互衝突的路線。港鐵會因應票價調整機制，就今次事故撥出款項，透過車費優惠回饋乘客，但未有交代實質撥出的款額。
港鐵又指會根據合約，按調查結果保留向承辦商追究的權利，到港鐵和機電署確認查明事故原因，作出改正後，才會容許港鐵恢復信號系統測試工作。