審計署去年底針對食安中心監管進口食物方面，列出多項不足之處，包括揭露了空運進口食物樣本檢驗輻射污染時，部分樣本是由進口商預先選定，違反工作指引。立法會政府帳目委員會發表相應報告，指對於食安中心未有依循既定程序，表示極度遺憾及不能接受，批評管理層及監督人員未能確保前線人員，遵守指引及工作守則。帳委會主席石禮謙說，很多政府部門都由於為免麻煩，未有執行應做的工作。他強調困難不代表不做，部門應該在食物安全及方便營商兩者找出平衡。
食安中心回覆指，今年一月已經發出最新指引，向前線人員說明如何處理運抵邊境檢查站的食物批次，亦會加強監督機場食物檢驗辦事處的運作。