多個內地部委或傳媒批評港鐵在反修例事件期間，安排專列接載示威者離開，是縱容違法示威人士。東九龍總區高級警司傅逸婷表示，警方在星期三元朗西鐵站示威行動中，並無參與港鐵安排專列的決定，又指警方行動時會考慮不同因素，包括現場情況以調配人手，港鐵列車停站或安排專列是公司安排，警方採取配合行動。
翻查紀錄，港鐵在過往多次示威行動中，都表示是應警方要求，列車不停部分車站，並在個別車站安排特別列車接載乘客；不過在星期三元朗站示威時，只表示因應公眾活動進行，持續安排特別列車接載乘客離開元朗站。