港鐵表示由於多個車站設施，在星期六晚的衝突中遭破壞，需要修復清理，太子、旺角及九龍灣站早上封閉。其中九龍灣站在下午約4時10分完成修復重開，列車恢復接載乘客，至於太子站及旺角站就仍然需要關閉。有市民說，港鐵封閉車站的做法擾民，認為沒有必要，又說對於警方速龍小隊在車站內執法感到恐懼。亦有乘客諒解港鐵需要兼顧職員安全。
另外，數十名黑衣人下午在機場快線青衣站，破壞車站設施。他們用噴漆塗污售票機，又用硬物損壞閘機，亦有人爬上客務中心的枱面，毀壞閉路電視和噴漆，期間又打開雨傘遮擋鏡頭。