機電工程署署長薛永恒表示，今次列車車軌事故非常嚴重，署方會成立獨立調查小組找出真相，盡速進行調查，可能需時三至六個月，他說調查不會排除任何可能性，外物影響是調查方向之一，列車機件故障亦會是調查範圍，強調調查工作沒有前設。薛永恒指，鐵路運行涉及很多精密組件，任何外物無論是大小，都有可能會引致事故，會進行調查，他又承認路軌上有一條裂紋，但未知是否同事故有關，而紅磡站昨晚沒有進行信號測試。