審計署審查淨化海港計劃第二期甲工程，發現在兩份工程合約中，承建商申報建築工料清單項目有所遺漏，沒有包括他們在投標時提交的技術建議書中部分設計，最終經顧問評估後，渠務署向兩個承辦商，分別支付約1.8億元及1.7億元，以進行遺漏項目所涉及的工程。
審計署認為，在日後推展工程項目時，渠務署需要把投標者設計涉及的工程項目，以總價項目形式納入建築工料清單。