審計署最新一份審計報告發現，渠務署在「淨化海港計劃第2期甲」中，因為顧問及承建商遺漏或工程延誤，額外耗資近8億9千萬元。在其中兩份建造污水輸送系統的合約，建築工料清單遺漏所需工程項目，並少列其中一種所需挖掘物料，渠務處最終需要向承建商支付4億3千多萬元進行遺漏工程。在有關合約批出後，工程顧問又發現工地附近有渠務署的構築物，令工程需要延長最長超過400日，所涉費用超過3億2千萬。審計署發現，顧問曾在工程前向渠務署索取有關構築物的圖則，但渠務處未能提供。
在昂船洲污水處理廠等其他工程，又因為地底障礙物及惡劣天氣等問題，造成不同程度延誤及超支。審計署認為，渠務署日後開展其他工程，需確保工料清準確，及事先確認工地情況，建議獲渠務署長同意。