在台灣，疾管署分析流感病毒抗原性，發現乙型流感病毒品種與疫苗病毒株完全不吻合，相信會影響疫苗效果，但指仍有一定保護力；有醫生就認為乙型流感會有流行風險。疾管署副署長羅一鈞解釋，世界衛生組織每年會由各地病毒株中，挑選病毒株製作疫苗，台灣目前流行的乙型流感病毒，與疫苗病毒株在抗原上不相似，但仍屬同一品系，因此認為疫苗仍有最少六成保護力。他強調，今年台灣的公費疫苗已轉為四價疫苗，包括兩種乙型流感的品系，接種流感疫苗效果仍相當好。
不過，有台灣醫生指，疫苗病毒株和流行株的吻合度決定交叉保護力，若是完全不吻合，大概沒有什麼保護力，擔心乙型流感會流行。