在台灣，疾管署因應武漢出現多宗不明原因肺炎，除夕起對來自武漢的直航機，實行登機檢疫，已檢查7班機，當中有6名旅客輕微發燒，他們並無到過華南海鮮市場，多數是從武漢轉機，評估後回家休息，後續診斷為流感或類流感。

疾管署昨日召開應變會議，指大陸方面初步研判為病毒性肺炎，雖然已經排除流感、禽流感及腺病毒感染，但不排除可能是冠狀病毒變異，徵狀可以輕如感冒，亦可以好像沙士或中東呼吸綜合症嚴重，有待進一步確定。疾管署說，如果武漢出現社區傳播風險，台灣會因應評估提升防疫等級，例如成立疫情指揮中心，並考慮對武漢以外其他地區的直航機，實行登機檢疫；若果獲得大陸方面同意，會派人到當地了解情況。