在台灣，疾病管制署因應武漢不明原因肺炎疫情，將武漢國際旅遊疫情建議等級列為第一級注意。疾管署疫情中心引述世衛組織指，內地部分病例為魚類及活畜市場員工，感染源可能與動物有關，暫時不建議實施旅遊及貿易限制。另外，疾管署致函內地衛健委，希望同意讓台灣專家到武漢了解疫情，大陸回覆，指會依程序處理。
疾管署至今對12班武漢直航機進行登機檢疫，檢查約1100名旅客及機組人員，有9人有呼吸道徵狀，大多被診斷為流感、一般感冒或徵狀已痊癒，當局研判後決定全部無需送院，由地方政府衛生局持續跟進情況。