台灣的陸委會表示，因應防疫需要，將在下星期一起暫停兩岸小三通客船往來。陸委會指，考慮到目前在大陸鄉親的返鄉需要，措施將下星期一起生效，相關部門將盡速完成暫停有關措施的準備。
台灣在2003年因應沙士疫情蔓延，曾一度暫時關閉金馬小三通客船往來。