港鐵沙中綫項目超支大約100億元，令整體造價增至907億元，政府將向立法會申請追加撥款。當局向立法會提交文件，指港鐵原本爭取要追加122億元，但政府拒絕將當中13.7億元新增項目管理費，納入追加撥款當中，再扣減早前已經預留的備用費用，追加撥款壓低至大約100億元，低於港鐵在2017年估算的165億元。運輸及房屋局表示，港鐵要求增加項目管理費，理據並不充分，指委託協議中的主要工程範圍、委託工作，以及計劃方面並無重大修改，但港鐵經多次商討，依然堅持政府應該支付額外項目管理費，政府表示失望。

實政圓桌田北辰指，港鐵工程總監包立聲上任以來，一直與承建商爭取減低索償額，最終壓低追加撥款，對此表示非常歡迎，並認為港鐵今次做法，令他對港鐵管理層重拾信心。他又表示，港鐵要求額外增加項目管理費，是符合合約要求，但政府未有包括在追加撥款中，港鐵可能需要召開股東大會，表決是否豁免收取新增管理費。民建聯陳恒鑌表示，不希望沙中綫工程停工，希望政府進一步壓低追加撥款，民建聯之後才會決定投票取向。公民黨譚文豪就批評港鐵監工不善，表明反對撥款。