港鐵沙中綫超支約121億元，政府向立法會追加約100億元撥款，當中不包括港鐵要求的13.7億元額外管理費。在立法會工務小組委員會上，議會陣線朱凱廸指，港鐵在2017年曾估算沙中綫超支約165億元，現時大幅削減44億元，質疑政府能夠輕易壓縮造價，是否與港鐵私下達成任何協議，屬「黑箱作業」。
運輸及房屋局長陳帆否認相關說法，指路政署及監檢顧問仔細審議過港鐵提交的資料，才壓縮到開支。路政署長陳派明表示，港鐵2017年提交資料後，路政署小心審視超過50份合約資料，盡量減省部份金額偏高的項目，加上項目陸續完成，釋放了早前預留的備用現金，進一步壓縮開支。