政府資訊科技總監辦公室澄清網上傳言指「居安抗疫」系統可能存在保安風險，強調系統在政府私有雲平台運作，所有經系統收集的資料儲存於政府私有雲，受多重電腦保安措施保障，確保資訊安全。資科辦在「居安抗疫」系統投入服務前，已進行保安風險及私隱評估及審計，流動應用程式在上架前亦已通過有關發行平台審核，用戶只需輸入電話作為戶口登記，並不收集其他個人資料。