廣深港高鐵香港段因為疫情停運近3個月，根據《服務經營權補充協議》的「乘客量上下限機制」，如果客量少於指定水平，由政府全資擁有的九鐵，要承擔七成虧損。港鐵商務總監楊美珍表示，自高鐵站關閉後已經零收入，但港鐵並無遣散員工或要員工放無薪假，認為政府是按合約承擔一部份損失。
運輸及房屋局回應表示，《協議》並無不可抗力或因傳染病疫情，而需要暫停服務的條款，亦無條款可以因應疫情而調整「乘客量上下限機制」；不過，一如一般商業協議，如果九鐵及港鐵同意，可因應實際情況修訂相關條款，而當局尚未評估今年客量是否觸及機制下限。