港區國安法草案，明確規定案件管轄、法律適用和程序。除特定情形外，香港特區對港區國安法規定的犯罪案件行使管轄權。香港特區管轄危害國家安全犯罪案件的立案偵查、檢控、審判和刑罰的執行等訴訟程序事宜，適用港區國安法和香港特區本地法律。香港特區管轄的危害國家安全犯罪案件的審判，循公訴程序進行。香港警務處維護國家安全部門辦理危害國家安全犯罪案件時，可以採取香港特區現行法律准予警方等執法部門，在調查嚴重犯罪案件時採取的各種措施，以及港區國安法規定的有關職權和措施。香港行政長官應當從現任或符合資格的前任裁判官、區域法院法官、高等法院原訟法庭法官、上訴法庭法官，及終審法院法官中，指定若干名法官，也可以從暫委或特委法官中指定法官，負責處理危害國家安全犯罪案件。