港區國安法草案明確規定，中央政府在香港設立「維護國家安全公署」，分析研判香港維護國家安全形勢，就維護國家安全重大戰略和重要政策提出意見和建議；監督、指導、協調、支持香港特別行政區履行維護國家安全的職責；收集及分析國家安全情報；以及依法辦理危害國家安全的犯罪案件。公署應當嚴格依法履行職責，依法接受監督，不得侵害任何個人和組織的合法權益。公署人員除須遵守全國性法律外，還應當遵守香港特區法律。公署亦應當與香港特區維護國家安全委員會建立協調機制，監督、指導香港特維護國家安全工作。公署的工作部門與香港特區維護國家安全的執法、司法機關建立協作機制，加強信息共享和行動配合。

草案又在附則中規定，香港特區本地法律與港區國安法不一致的，適用港區國安法規定；港區國安法的解釋權屬於全國人民代表大會常務委員會。