港區國安法草案規定，中央政府在香港設立「維護國家安全公署」。公署和國家有關機關在特定情形下，對極少數危害國家安全犯罪案件行使管轄權，是中央全面管治權的重要體現，有利於支持和加強香港特區維護國家安全執法工作和司法工作，有利於避免可能出現或導致出現香港特區基本法第十八條第四款規定的緊急狀態情形。
草案又在附則中規定，香港特區本地法律與港區國安法不一致的，適用港區國安法規定；港區國安法的解釋權屬於全國人民代表大會常務委員會。