民主黨立法會議員涂謹申指，港區國安法草案說明列明，香港要設立維護國家安全委員會，並由中央指派國家安全事務顧問，他認為特首不可能不聽顧問的意見，令顧問成為「太上皇」。他又認為，由行政長官指定法官去處理危害國家安全犯罪案件，絕對會影響司法獨立，破壞公平審判制度，令市民失去人權保障。
法律界立法會議員、公民黨郭榮鏗亦表示，現時沒有一條法例容許特首決定和委任法官審理某一類案件，令人擔心在港區國安法下，司法機關不能獨立處理案件。郭榮鏗又指，中央沒有清楚說明在甚麼特殊情況下，案件才會由內地審理，反映將來做法是人治和缺乏法治基礎。