終審法院首任首席法官李國能表示，港區國安法指明行政長官挑選法官審理案件，以及中央對部分案件有管轄權，可能損害司法獨立。李國能在聲明中表示，現行安排下，行政長官是按司法人員推薦委員會的推薦而委任法官，司法機構獨立於行政機關，應自行決定審理案件的法官，不受行政機關干預。他又指，行政長官欠缺挑選法官時所需的經驗和專長，加上作為將成立的「維護國家安全委員會」主席，不宜獨自挑選法官，最起碼要依據首席法官或司法人員推薦委員會的建議。
李國能又關注中央機構或對極少數危害國家安全犯罪案件行使管轄權，擔心部分案件轉到內地處理，被告無法享有香港司法程序的保障，破壞香港法院的獨立司法權力。