消息指，全國人大常委會全票通過港區國安法，日本內閣官房長官菅義偉表示如果消息屬實，將會是非常遺憾，削弱一國兩制，又指中美關係維持穩定對地區和全球安全十分重要，會持續同美國和中國保持溝通。
日本傳媒報道，「遺憾」是僅次於「譴責」的第二嚴厲外交表現，以往日本政府在中日釣魚島爭議等直接關乎國家利益情況時，大多數會使用「遺憾」，但對港區國安法的外國政策，使用「遺憾」一詞是十分罕見。