港區國安法通過的消息傳出後，分別有本土派組織的成員宣布退出，甚至解散。民主派會議召集人陳淑莊表示，事前完全無收過這些組織要解散的消息，形容港區國安法令社會彌漫白色恐怖，但相信這些組織日後會有新的部署，而她無收到所屬的公民黨有成員需要退出。陳淑莊批評，人大常委會已通過港區國安法，但港人，甚至特區政府至今仍未知道條文內容，做法史無前例，亦是直接將香港推向一國一制。
中大政治與行政學系高級講師蔡子強相信，提倡自決，甚至獨立的組織表面上會越來越少，但相信這些組織都會轉向地下活動，以避開國安法。