港區國安法列明，特區政府維護國家安全應當尊重和保障人權，保護香港居民根據基本法和國際公約，享有的言論、新聞、出版、集會、遊行、示威等自由和權利，亦應當堅持法治原則，包括無罪假定、疑犯和被告的辯護權和訴訟權、一罪不能兩審等。
法例的附則列明，如果香港法律與港區國安法不一致，就適用港區國安法的規定。辦理危害國安案件的執法和司法機關，以及人員，對辦案時知悉的國家秘密、商業秘密和個人私隱都要保密，國安法解釋權屬於人大常委會。