港澳辦副主任張曉明表示，「港區國安法」規定中央可在3種情形下行使對案件的執法權，駐港國安公署經批准後，會逮捕嫌疑人，至於後續的起訴和審判，就交由最高人民檢察院和最高人民法院安排，中央和特區未來會各自形式執法、司法隊伍，實行由偵查到刑法執行的一條龍的管轄，分工明確。他表示，有關安排是考慮到香港與內地法律制度不同，兩地機構只能執行各自的法律，如果要求香港警方、檢控人員或法官執行內地法律，或要求內地有關部門執行香港法律是不可能，因為人員不了解有關法律，亦有可能造成司法管轄的衝突和混亂。
張曉明在北京出席記者會介紹法例時又指，駐港國安公署不受基本法第22條規管，法例定明公署人員執行職務不受特區管轄，是由於公署行使的權力已超出香港自治權範圍，加上許多案件都涉及國家秘密，香港機構不能管完全合情合理。