港區國安法列明，在特定情形下，經香港特區或駐港國家安全公署提出，並由中央政府批准，公署可以對危害國家安全犯罪案件，行使管轄權。全國人大法工委主任沈春耀表示，這些特定情形意味香港會出現困難局面和重大現實威脅，形容中央不願意看到，但制度建設必須考慮到各種風險因素。
沈春耀又說，即使中央對案件行使管轄權，執法起訴等程序，都受內地刑事訴訟法規定，強調安排是根據憲法和基本法確定的憲制秩序，以及中央對特區全面管制權的重要體現，是為了避免香港出現一些嚴重的緊急狀態，並以「低強度」方式，維護香港特區的國家安全。