行政長官林鄭月娥指，港區國安法列明，在3種情形下，經特區政府或駐港國安公署提出，並報中央政府批准，由駐港國安公署對危害國家安全犯罪案件行使管轄權，當中涉及提請中央政府的程序，形容是制度保障，做到萬無一失。她指，國家安全案件不但涉及香港，亦涉及複雜的國際形勢，可能超越港府可以處理，例如涉及外國一些機構和組織深度介入案件或國防軍事等複雜情況，以及可能引起外交交涉的情況，只靠特區的力量是難以查清和辦理；或當出現國家安全面臨重大現實威脅的情況時，提請由駐港國安公署行使管轄權，避免出現基本法第18條指，中央人民政府命令將有關全國性法律在香港特別行政區實施，這更嚴厲的做法。
保安局長李家超指，如果香港被人高度滲透，對辦案人士失去信心，可能提請由駐港國安公署行使管轄權，但認為是萬中無一情況。