在台灣，陸委會副主委邱垂正指，「港區國安法」管轄權無所不包、無所不在，充分顯示大陸為維護政權安全，無所不用其極，全面封殺無法容忍的意見，與全世界為敵，只要曾批判中共或支持香港「反送中」運動的台灣民眾，都屬於高風險族群，建議應審慎觀察，非必要應避免過境香港、澳門及大陸。他又表示，不會因應「港區國安法」正式實施而主動撤走台北經濟文化辦事處，強調已備有應變計畫。
邱垂正表示，台港關係近年來受到兩岸因素影響，受到不少波折，包括港府遲遲不核發駐港辦事處長的工作簽證，強調台灣政府從未介入香港事務，駐港辦事處在港的運作，一向符合雙方規範，從未逾越分際。