港區國安法的執法細則訂明，可規定外國或台灣的政治性組織或代理人提交指明資料。台灣的陸委會批評形同極權政體無限擴權的思想審查，又關注細則定義模糊，對於長期在香港從事民間交流服務的台灣政黨、民間團體、駐港機構及人士極其不尊重和不友善，製造在港台灣人的恐慌，扼殺台港正常交流互動，嚴正警告北京及港府，不要踰越違反人權及侵害台灣在港團體正當權益的界限。
陸委會重申台灣關心香港情況，但從未介入，香港應該按協議保障台灣駐港機構不受任何政治干擾，相關方面切勿無限上綱和輕舉妄動，破壞台港及兩岸關係。