港區國安法的執法細則訂明，可規定外國或台灣的政治性組織或代理人提交指明資料。在台灣，總統蔡英文指不排除反制港區國安法。蔡英文出席外貿協會活動時指，如果港區國安法對於台灣造成傷害，或者有不合理現象時，台灣會考慮反制措施，呼籲台灣所有政黨，共同面對港區國安法對台灣的傷害。
台灣的陸委會批評，港區國安法形同極權政體無限擴權的思想審查，又關注細則定義模糊，對於長期在香港從事民間交流服務的台灣政黨、民間團體、駐港機構及人士極其不尊重和不友善，製造在港台灣人的恐慌，扼殺台港正常交流互動，嚴正警告北京及港府，不要踰越違反人權及侵害台灣在港團體正當權益的界限。