港鐵暫緩原定明日投入服務的東鐵綫新信號系統，以及新的9卡列車，港鐵表示，4、5月開始測試新信號系統，當時已發現行車路線設定及相關管控措施，表現不理想，假設當列車按時間表由上水前往羅湖站，行車路線有機會出現重覆設定，導致下一架原定前往落馬洲站的列車，可能會行錯路線改往羅湖站。港鐵強調，出現這種情況的機會率極低，行車安全不會受影響；被問到港鐵在8月底一份新聞稿中，曾提及新信號系統已經準備就緒，港鐵說，系統的確準備就緒，但在通車前最後覆檢階段，仍然發現有改善空間，為了系統可以更可靠，決定進行優化。
港鐵強調，會對沙中綫過海段的通車時間的影響減至最低，但目前未有實質時間表。