港鐵證實，在星期日凌晨，一列不載客東鐵綫列車以「不停站模式」手動駕駛，當駛至大埔墟站附近，車長按程序在燈位前約25米停車，但駕駛室顯示屏卻顯示繼續前行的容許停車距離為100米。港鐵表示，有關情況只會在「不停站模式」及手動駕駛的列車運作時，才可能會出現，港鐵會督促承辦商調校系統改善，提升整體表現。團隊經已通知政府。
港鐵又解釋，顯示屏上的停車距離為參考值，當時列車經已停定，車長會按專業判斷，按燈號指示操作列車，同時自動列車保護系統亦運作正常。