東鐵新訊號系統及9卡列車投入服務近三星期，港鐵車務營運總管黃琨暐說，整體承載力滿足需求，在大圍轉車站，即使有9卡車，大部分乘客都能第一時間上車，不過在早上8至9時繁忙時間，南行方向仍然暫時不安排9卡列車，會根據乘客適應程度等，決定何時在繁忙時間開始使用9卡車，並會檢視客量逐步調整車務安排，例如在繁忙車站加開特別班次。
被問到轉新訊號系統後，出現過幾多次「假衝燈」情況，黃琨暐回應指，任何新訊號系統都需磨合，強調無影響行車安全，目前情況已有改善，會繼續與職員溝通，並與承辦商做好改善工作。
有由屯馬綫轉乘東鐵的乘客表示，早上8時前在大圍站未能登上9卡列車，認為9卡車比12卡車擠逼，較難上車，認為12卡車較好，需要預早時間出門。亦有乘客認為，轉用9卡車無太大影響。