最新一份審計報告發現，數年前曾經捲入非法排污風波的屯門望后石污水處理廠，每7次突擊巡查就有一次含菌量偏高，但承辦商的調查需時曾經達20個月才有結果。

渠務署在前年4月至去年10月期間被渠務署突擊檢查161天，當中有23天污水中大腸桿菌含量偏高，但承辦商的調查需時9天至20個月完成，調查平均長達3個半月。報告建議渠務署適時採取行動，查明原因，同時正式訂明突擊檢查做法並發布指引。

審計報告又指，在2014年5月，即改善後的污水處理廠啟用前1個月，處理廠的紫外光消毒設施曾經被發現效能欠佳，導致經處理污水的大腸桿菌含量偏高，承辦商之後更換液壓筒。

審計署又指，污水處理廠的混凝土保護塗層過早損蝕，承辦商已用其他塗層修補，政府委聘本地大學進行調查，認為要繼續監察新塗層的效能，以及在切實可行的情況下及早完成調查。報告又指污水處理廠曾發生工人懷疑跌進終端沙井死亡及其他受傷事故，認為職業安全有改善地方，同時加強措施確保設備和設施的維修保養工作適時完成。