九巴公司指在屯馬線全通開通後，有40條相關路線受影響。每日乘客量相比起未有屯馬線前下跌10萬，第2期屯馬線落成後則下跌5萬乘客量。
對於運輸署建議取消九巴4條與屯馬線相關路線，九巴車務策劃部主管梁領彥指，正與運輸署討論班次改動，當中11號巴士載客量下跌25%，對取消路線持開放態度。當中最嚴峻的286M路線，載客量最不理想，已符合運輸署取消路線要求，但希望把節省的資源用作調整班次、覆蓋鐵路未能覆蓋的地區或透過分段收費改善路線問題。
被問及有關皇后山路線投標落敗，九巴傳訊及公共事務部主管林子豪指，已盡力投標，並以第1間公司的姿態承諾在該路線上全面使用電動巴士，未來期望可處理北區路線分段收費問題，暫未考慮會加價。