個人資料私隱專員鍾麗玲表示，香港推行的「疫苗通行證」安排與內地和世界各地採取的相類似措施一致，並不違反《私隱條例》的規定。鍾麗玲表示，私隱權與眾多權利一樣，並非絕對權利，疫情危機當前，在維護公眾利益的大前提下，必須作出取捨。《香港人權法案條例》亦列明，在公共緊急情況下，私隱權與眾多權利一樣，可在絕對必要的限度內，受到限制。
鍾麗玲在報章撰文，表示私隱公署已經審視「疫苗通行證」的設計和功能，指使用者在掃碼的過程中，不會顯示個人資料；而且系統收集的到訪紀錄會經過處理，處所人員無法查閱，資料只會暫存31日；當局亦只會在有確診者到訪處所時，處理資料作流行病學調查；因此認為「疫苗通行證」的設計已保障使用者的私隱。